Se ricca ed interessante è la storia e la cultura di questo territorio, non meno suggestiva è la sua "storia" geologica. Questa storia risale ai tempi dell'antico continente Pangea, un unico immenso continente circondato da un unico grande oceano detto Panthalassa.
Incuneato tra i due blocchi di questo super continente, quello settentrionale detto Laurasia che diede poi origine all'America settentrionale ed all'attuale Eurasia, e quello meridionale detto Gondwana, da cui nacquero l'America meridionale, l'Africa, l'Antartide e l'Australia, si incuneava una parte di questo oceano.
Con il progressivo allontanarsi dei due grandi blocchi, questa parte di mare si allarga di conseguenza fino a divenire un vero e proprio oceano chiamato dai geologi Mare Tetide, dal nome dell'antica divinità marina.
   Durante gran parte dell'era Mesozoica (230-70 milioni di anni fa) sul fondo di questo mare, si accumularono nuovi sedimenti e si formarono nuove rocce.
Nelle acque basse lungo la costa e nelle insenature, sulle rocce sommerse vivevano miriadi di organismi, alghe e coralli in particolare, che diedero vita a barriere costituite dai loro scheletri calcarei, e che racchiudevano vaste lagune. L'accumularsi di sempre nuovi strati di organismi, diede luogo a delle piattaforme carbonatiche, spesse anche alcune migliaia di metri, di cui una delle più antiche è quella conosciuta come "laziale-abruzzese". Ai bordi di tale piattaforma si accumularono invece i detriti creati dall'azione delle onde sulle scogliere e che si mescolarono a quelli portati dai fiumi, sabbie, argille marine, e trascinati al largo. Le rocce formatesi ai bordi della piattaforma laziale?abruzzese, chiamate "successione umbro marchigiano sabina" sono quelle che formano i rilievi dei Monti Sabini, e che contengono nel loro interno, a testimonianza di tale travagliata storia i resti fossili di organismi vissuti al bordo della piattaforma carbonatica, in particolare fossili di ammoniti e di foraminiferi. Quando alla fine dell'era Mesozoica la zolla continentale africana cessò di allontanarsi dall'Europa e iniziò un lento ma possente movimento di riavvicina mento, gli strati formatisi lungo la fascia meridionale della Tetide si sollevarono dal mare, corrugandosi, fratturandosi ed ammassandosi in una serie di rilievi, e tra questi si formò, insieme agli Appennini, anche la catena preappenninica dei Monti Sabini. Il susseguirsi di periodi di glaciazione, con conseguente diminuzione del livello marino, e di periodi intergiaciali con conseguenti innalzamenti dello stesso livello, hanno ulteriormente contribuito a modellare i rilievi così formatisi, dando loro quell'aspetto definitivo che ora possiamo ammirare.

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   La prima notizia dell'esistenza del castello di Monte San Giovanni è abbastanza tarda ed è contenuta in un contratto di vendita del 1240 conservato presso l'Archivio di Stato di Rieti. In questo anno infatti, anche se la data non è molto precisa, Giovanna de Radolfis, ultima discendente della consorteria del Camponeschi, i grandi colonizzatori delle aree in quota dei Monti Sabini, vendette a Napoleone Orsini i castelli di Poggio Perugino, di Monte San Giovanni, di Montenero e delle Macchie, oggi scomparso, insieme al giuspatronato su di un quarto della chiesa o abbazia di S. Maria de Monte, che era situata nei pressi di Castiglione di Cottanello.
   Quando gli Orsini acquistarono tutta questa area l'insediamento era dunque ormai completato. I castelli di Monte San Giovanni, di Poggio Perugino e di Montenero esistono ancora; l'unico ad essere scomparso è il castello delle Macchie, ricordo dei forti diboscamenti allora compiuti, che era situato ai margini orientali dell'attuale territorio di Monte San Giovanni. L'opera di conquista agraria e di riorganizzazione territoriale era stata compiuta dai Camponeschi, una consorteria di cui conosciamo poco o nulla, ma che era stata particolarmente attiva tra X e XII secolo nelle aree in quota dei Monti Sabini, da Castiglione di Cottanello fino a Casaprota, per poi scomparire rapidamente senza lasciare molte tracce. Restano dunque nell'ombra, almeno per le fonti scritte, i dettagli della fondazione di Monte San Giovanni e del castello delle Macchie, anche se non sembra inverosimile fissarne la nascita in periodi non molto lontani da quelli dei castelli vicini come Salisano, fondato intorno al 953?961; Mompeo, circa 991; Montenero, 1038?1085; Muscini, oggi scomparso, circa 1085.
   A questo periodo di forte spinta verso la conquista di nuove terre risalgono con molta probabilità i terrazzamenti che impedivano il dilavamento dei terreni e che ancor oggi caratterizzano il paesaggio della zona, come un retaggio del passato costituisce anche la Mola, il vecchio mulino mosso dalla forza idraulica sul torrente Canera.
Monte San Giovanni divenne gradualmente il centro principale degli Orsini in questa zona. In questo periodo furono anche prosciugati numerosi laghetti che punteggiavano le vallate nei pressi del castello delle Macchie e della chiesa di S. Sebastiano, con indubbio sviluppo delle aree coltivate. Poco alla volta la potente famiglia baronale romana estese il suo dominio ad un gran numero di altri castelli, come ricorda il testamento redatto nel 1476 da Pierangelo Orsini, signore di Foglia, di Gavignano, di Mompeo, di Montenero, di Tancia, di Monte San Giovanni, di Casaprota, di Collelungo, dei castelli abbandonati di Giulianello e di Montefalco, della metà di Monteleone, di Ornaro e di Torricella, e, nella valle del Turano, di Bulgaretta, dei castelli diruti di Pietraballa e di Rocca della Salce e di tre quarti di Collepiccolo, oggi Colle di Tora.

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   Monte San Giovanni rimase in possesso degli Orsini fino agli inizi del XVII secolo, quando il castello tornò alla camera apostolica, che nella seconda metà del Settecento ne concesse in enfiteusi i beni camerali dapprima ad Adriano Antoniazzi Tomassi e successivamente ad Antonio Flavi.
Un altro dei segni caratterizzanti del medioevo è la presenza di un numero molto elevato di edifici religiosi. La chiesa di S. Sebastiano de Laculo è la più antica chiesa del territorio di Monte S. Giovanni ad essere ricordata. La prima menzione è infatti del 1182, quando era già una pieve dipendente dalla diocesi di Rieti. Il numero degli edifici sacri era però ben più consistente nel medioevo. In un registro delle chiese della diocesi reatina redatto nel 1398, oltre a S. Sebastiano, sono ricordate quelle di S. Giovanni, di S. Pietro, di S. Vittoria e di S. Angelo.
   Nel tempo molte altre chiese o cappelle presenti nel territorio di castelli o di villaggi abbandonati, senza più cura d'anime quindi, ed in molti casi diroccate, furono unite alla parrocchia di S. Giovanni, divenuta progressivamente la più importante del territorio dipendente dal vescovo di Rieti. Tra queste possono essere ricordate S. Vittorino di Vaccareccia, S. Bartolomeo di Monticchio, S. Nicola di Finocchiaro, S. Maria del Casale, S. Lorenzo e S. Salvatore delle Macchie, ad indicare un passato caratterizzato da una vita religiosa e civile molto intensa.
   Un'altra importante pieve, dipendente a sua volta dalla diocesi di Sabina e contigua a S. Giovanni, era S. Maria di Montenero dalla quale dipendevano le cappelle di S. Pancrazio de Septerano, nota già nell'alto medioevo, di S. Giovanni de Leone, di S. Maria de Colle, di S. Simeone de Magalainis, che aveva cura d'anime, di S. Giustino de Collibus, di S. Savino de Podio Oliveti, di S. Paolo de Valeris, di S. Eligio de Driano, di S. Eleuterio de Muscino e di S. Andrea de Pazo.

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